Nach einem Update von Ubuntu 15.04 auf Ubuntu 15.10 wurden alle Desktopicons doppelt angezeigt.

Abhilfe schaffte das deinstallieren der Cinnamon Pakete und:

unity --reset-icons

[Update]
Nach einiger Zeit erschienen wieder alle Icons doppelt…
..allerdings immer nur in Verbindung mit einem externen Monitor.

Eine Suche im Netz brachte nur Ergebnisse zum Cinnamon Desktop; Ich nutze allerdings Unity.

Das Problem konnte ich lösen, in dem ich den für Ubuntu 15.10 empfohlenen Kernel installierte (4.2er Kernel anstelle des 4.0er Kernel)